動物でも植物でもない、微生物や菌類とも違う、もっと命の原生体に近いモ ノ達、それらを総じて"蟲"と呼ぶ。それらは形や存在が曖昧で、存在を知る ものは限られた"ヒ ト"のみである。"ヒト"と"蟲"が重なる時、人智を超えた妖しき現象が生まれ、その時 "ヒト"は初めて"蟲"の存在を知ることになる。
本編では"蟲"と"ヒト"をつなぐ"蟲師"である主人公のギンコが、旅の途中で 様々な人々と、それに関わる"蟲"に出会い、妖しき現象を解決し、"ヒト"と "蟲"とを共生へ と導いていく…。